Авторы:
М. В. Бытов,
О. В. Соколова,
Н. А. Безбородова,
А. С. Красноперов,
А. Г. Исаева
Уральский федеральный аграрный научно-исследовательский центр Уральского отделения Российской академии наук, Екатеринбург, Россия
E-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.
Аннотация. Полногеномный анализ ассоциаций является одним из ключевых инструментов для выяснения генетической этиологии различных фенотипов, в том числе заболеваний и степени предрасположенности к ним. В последующем для статистически значимых генетических маркеров необходимо проведение валидационных исследований на независимых выборках. Такие валидационные post-GWAS-исследования позволяют тестировать генетические маркеры, высокая степень ассоциации которых с фенотипом подтверждается независимо от размера выборки, позволяя опровергнуть ложноположительные результаты изначального анализа ассоциаций. При выборе методики генотипирования для валидационных postGWAS-исследований необходимо учитывать размер выборки и количество генетических маркеров для изучения, поскольку методики различаются по производительности и необходимым финансовым ресурсам. Цель данной работы – проведение генотипирования крупного рогатого скота по SNPs rs137396952 и rs134055603, для которых была показана высокая степень ассоциации с развитием кетоза в предыдущих GWAS-исследованиях, и описание современных методов генотипирования в зависимости от их производительности. Использованные методы генотипирования включают в себя технологии TaqMan и HighResolution Melt Analysis. Анализ генотипов проведен с помощью веб-инструмента SNPStats. По полученным результатам генотипирования с помощью указанных технологий продемонстрированы особенности аллельной дискриминации методов. Проведено тестирование результатов генотипирования, в результате которого показано, что rs134055603 не подчиняется равновесию Харди – Вайнберга в исследованной выборке животных. Научная новизна. Полученные результаты по генотипированию могут быть использованы в дальнейших ассоциативных тестах с физиологически ценными параметрами, в том числе устойчивости к заболеваниям крупного рогатого скота молочного направления.
Ключевые слова: GWAS, крупный рогатый скот, генотипирование, SNP, ДНК, ПЦР, электрофорез.
Для цитирования: Бытов М. В., Соколова О. В., Безбородова Н. А., Красноперов А. С., Исаева А. Г. Методы генотипирования крупного рогатого скота для post-GWAS аннотирования SNPs // Аграрный вестник Урала. 2023. № 06 (235). С. 67‒75. DOI: 10.32417/1997-4868-2023-235-06-67-75.
