Аграрный вестник Урала

журнал издается с 2000 года

ISSN 1997 - 4868 (Print); ISSN 2307-0005 (Online)

 

Методы генотипирования крупного рогатого скота для post-GWAS аннотирования SNPs

Авторы:

М. В. Бытов,

О. В. Соколова,

Н. А. Безбородова,

А. С. Красноперов,

А. Г. Исаева

Уральский федеральный аграрный научно-исследовательский центр Уральского отделения Российской академии наук, Екатеринбург, Россия

E-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.

Аннотация. Полногеномный анализ ассоциаций является одним из ключевых инструментов для выяснения генетической этиологии различных фенотипов, в том числе заболеваний и степени предрасположенности к ним. В последующем для статистически значимых генетических маркеров необходимо проведение валидационных исследований на независимых выборках. Такие валидационные post-GWAS-исследования позволяют тестировать генетические маркеры, высокая степень ассоциации которых с фенотипом подтверждается независимо от размера выборки, позволяя опровергнуть ложноположительные результаты изначального анализа ассоциаций. При выборе методики генотипирования для валидационных postGWAS-исследований необходимо учитывать размер выборки и количество генетических маркеров для изучения, поскольку методики различаются по производительности и необходимым финансовым ресурсам. Цель данной работы – проведение генотипирования крупного рогатого скота по SNPs rs137396952 и rs134055603, для которых была показана высокая степень ассоциации с развитием кетоза в предыдущих GWAS-исследованиях, и описание современных методов генотипирования в зависимости от их производительности. Использованные методы генотипирования включают в себя технологии TaqMan и HighResolution Melt Analysis. Анализ генотипов проведен с помощью веб-инструмента SNPStats. По полученным результатам генотипирования с помощью указанных технологий продемонстрированы особенности аллельной дискриминации методов. Проведено тестирование результатов генотипирования, в результате которого показано, что rs134055603 не подчиняется равновесию Харди – Вайнберга в исследованной выборке животных. Научная новизна. Полученные результаты по генотипированию могут быть использованы в дальнейших ассоциативных тестах с физиологически ценными параметрами, в том числе устойчивости к заболеваниям крупного рогатого скота молочного направления.

Ключевые слова: GWAS, крупный рогатый скот, генотипирование, SNP, ДНК, ПЦР, электрофорез.

Для цитирования: Бытов М. В., Соколова О. В., Безбородова Н. А., Красноперов А. С., Исаева А. Г. Методы генотипирования крупного рогатого скота для post-GWAS аннотирования SNPs // Аграрный вестник Урала. 2023. № 06 (235). С. 67‒75. DOI: 10.32417/1997-4868-2023-235-06-67-75.

Скачать полный текст статьи

 

Контактная информация:

Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Уральский государственный аграрный университет"

Адрес: 620075 Россия г.Екатеринбург, ул. Карла Либкнехта, 42

+7 (343) 221-40-01; 371-33-63 - ректорат

+7 (343) 221-40-12 - бухгалтерия

 

 

antiplagiat             openaccess                         88x31

 

All works are licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License

Яндекс.Метрика

Search